למשכון המוטל על נכס מקרקעין והנרשם בפנקסי רישום המקרקעין, קוראים משכנתא. המשכנתא היא שעבוד המקרקעין כערובה לחיוב כספי של בעליהם או של בעל זכויות החכירה. המשכנתא הנפוצה ביותר היא שעבוד לבנק למשכנתאות, המעמיד הלוואה לטובת רוכש המקרקעין ובכך מאפשר לו לרכוש את הנכס. המשכנתא מבטיחה את הבנק המלווה, כך שאם הרוכש נוטל ההלוואה חלד לפרוע את ההלוואה יוכל הבנק לקחת לו את המקרקעין. לשם כך, אין הבנק חייב לפנות לבית המשפט, והוא יכול לממש את המשכנתא במישרין בהוצאה לפועל.

הרוכש נכס שרשומה עליו משכנתא צריך לדעת כי אם המוכר לא יפרע את החוב, הרי שהמלווה יהא זכאי לקחת את הנכס, והעובדה שהנכס נמכר בינתיים אינה מפקיעה זכות של המלווה. משום כך, על הקונה לוודא כי המוכר הסיר את המשכנתא מן הנכס עם קבלת התמורה.

אדם יכול משכן מקרקעין שלו כדי להבטיח חוב של אחר. כמו כן, יכולים מקרקעין לשמש את בעליהן כמנוף לגיוס כספים, כאשר ניתן לרשום על אותו נכס המקרקעין יותר ממשכנתא אחת. במקרה כזה כשנמכרים המקרקעין על מנת לפרוע את החיוב לבעלי המשכנתאות, משולם תחילה הסכום הנחוץ לשם פירעון המשכנתא הראשונה ומהיתרה , ככל שהיא קיימת , נפרע בעל המשכנתא הבא אחריו.

בדרך כלל נרשמת משכנתא להבטחת חיוב כספי בסכום מוגדר (בצירוף הפרשי הצמדה וריבית). ואולם, לפעמים המשכנתא נרשמת להבטחת חיוב בלתי מוגבל בסכום. כך עושים, בדרך כלל כאשר החייב מעוניין בקבלת הלוואות נוספות בעתיד מבלי צורך ברישום משכנתא כל פעם מחדש. הבנקים מעדיפים לרשום את המשכנתא בלא הגבלת סכום, הן כדי לאפשר להם חופש פעולה בעתיד במקרה של הסתבכות כלכלית של הממשכן, והן כדי לחסוך מס בולים. מס הבולים על משכנתא בלתי מוגבלת בסכום הוא בסכום קצוב של 5 שקלים בלבד.